Был выстроен квартал, который имел свой общественный центр, баню, чайхану, синагогу, ремесленные мастерские, начальную школу, где поселились бухарские евреи. В 1843 году квартал официально получил свой статус и стал еврейским кварталом. В 1868 году Самарканд был завоёван русскими войсками и стал центром Зеравшанского округа. Самаркандцы попытались свергнуть российскую власть, но восстание было подавлено. А в 1887 году была организована Самаркандская область. В 1888 году к вокзалу города была подведена железная дорога, которая в последствии стала называться Средне — Азиатской железной дорогой. Город был разделен на две части европейскую, где проживали люди разной национальности и вероисповедания, но преобладала численность православных христиан. Вторая часть города называлась «туземная», где проживали в основном мусульмане – сунниты. Кроме того в городе проживали католики, протестанты, иудеи, раскольники и люди исповедующие армяно- григорианскую веру. Для жителей города стали строить церкви, молельные дома, храмы. В этот период в новой части появляются первые гостиницы, рестораны, магазины, почтовая связь, телеграф. Были построены европейские здания для банков, аптек и других организаций.
После Октябрьской революции Самарканд вошел в состав Туркестана, но в 1924 году решением советского правительства город Самарканд включен в Узбекскую ССР. В этот же период город Самарканд становится столицей Узбекской ССР, где размещаются правительственные органы во главе с Файзулло Ходжаевым. Начиная с 1925 года в Самарканде были построены Республиканская больница и здание Самаркандского государственного университета, которому в 1961 году присвоено имя величайшего поэта Алишера Навои. В столичном центре образуются еще и другие высшие учебные заведения. В 1930 году Самарканд становится областным центром, а столицей Республики Узбекистан стал Ташкент.